Tüm taşıma modları çevre kirliliğine yol açar. Trafik sıkışıklığı, gürültü kirliliği, su kirliliği ve daha önemlisi hava kirliliği en önemli kirlilik nedenleridir. Hava kirliliğinin temelinde motorlarda kullanılan akaryakıt tüketimi vardır. Akaryakıtların motorlarda yanmasından dolayı karbondioksit, karbonmonoksit, kükürtdioksit ve kurumlar ortaya çıkmaktadır. Bu çıkan gazlar havada asılı kalarak hava kirliliğine yol açarlar. 

Karayolu taşımacılığı, küresel ham petrol talebindeki artışın yaklaşık yüzde 40’ını oluşturmaktadır. Bu durum, karayolu taşımacılığından kaynaklanan emisyonların, hızlı bir artış trendinde olduğunu göstermektedir. Bu nedenle dünya genelinde sera gazı salınımına en fazla etkisi olan sektörlerin başında gelen karayolu taşımacılık sektörü bu atıkları azaltacak tedbirler almaktadır. Sektörde var olmak isteyen işletmeler, çevre baskısıyla veya devletlerin kanunlar koymasıyla ekonomik anlamda negatif etkilerini minimize edecek ve hizmet kalitelerini artırabilecekleri stratejiler uygulamaya yönelmiştir.

Nestle, taşıma faaliyetlerinden kaynaklanan emisyonların azaltılması ve dağıtım ağında verimlilik yaratmak için United Biscuits ile gerçekleştirdiği işbirliği sayesinde 2007 yılından bu yana yılda 270 bin km boş araç kullanımını azaltmıştır. Sadece yüklerin birleştirilmesi ve yeniden rotalama çalışması yapılmıştır. Bu işbirliği ile 95 bin litre yakıt ve 250 ton karbondioksit tasarrufu (300 bin pound ile eşdeğer bir malî tasarruf) sağlanmıştır. Bu uygulama endüstride en iyi uygulama örneği olarak, 2009 yılı ‘’Motor Transport Partnership Award’’ ödülüne layık görülmüştür.

Fosil yakıtların çevre üzerindeki olumsuz etkisini gidermek için, sera gazı emisyonlarında azalma sağlayan pirinç, buğday, mısır, şeker kamışı, şeker pancarı gibi tarımsal ürünler ve mikro organizmalardan elde edilen biodizel ve bioetanol gibi alternatif yakıtlar da kullanılmaktadır.

Bioyakıtlar, fosil yakıtlarla karşılaştırıldığında yenilenebilir ve sürdürülebilir olduğu için daha az maliyetlidir. Atmosfere salınımı yalnızca su ve su buharı olan hidrojen de çevre için en temiz alternatif yakıtlar arasında yer almaktadır. Örneğin, Avrupa’da CUTE (Clean Urban Transport for Europe) adı verilen bir temiz toplu taşıma ağında hidrojen enerjisi kullanılmaktadır.

Sıkıştırılmış, sıvılaştırılmış doğalgaz ve likit petrol gazı da düşük emisyon değerleri ile çevre dostu diğer yakıt türlerindendir. Araç teknolojisindeki gelişmeler ve kontroller de hava kirliliğine olumlu etkileri olan çalışmalardır. Taşınan yüklerin birleştirilmesi, daha büyük araçlarla taşınması, taşımacılıkta demiryolu ve deniz yolunun kullanılması, boş araç dönüşlerinin planlanması, araçlarda daha fazla aerodinamik dizaynlar yapılması, düşük dönme direnöli lastik kullanılması, araç ağırlıklarının azaltılması, akıllı ulaşım sistemleri kullanılması, karbon ayak izlerinin cezalandırılması ve ekonomik sürüş eğitimlerinin uygulanması için proje destekleri sürdürülmektedir.

Yeşil lojistik uygulamaları, işletmelerin çevresel risklerini ve olumsuz etkilerini azaltmakta aynı zamanda taşıma maliyetlerini azaltarak, verimliliği artırmaktadır.