26 Nisan 2025’te gözaltına alınan Başa hakkında mahkeme, 30 Nisan’da ev hapsi kararı vermişti. Sağlık sorunları bulunduğu belirtilen Başa, bu karar doğrultusunda 210 gün boyunca ev hapsinde kaldı. Süreç içerisinde görevinden uzaklaştırılan Başa’nın ev hapsi tedbiri, avukatlarının başvurusu sonrası Kasım 2025’te kaldırıldı.
Ev hapsi kararının kaldırılmasına rağmen görevden uzaklaştırma süresi bir süre daha devam etmişti. Son olarak, Cumhuriyet Gazetesi’nden Çağdaş Bayraktar’ın haberine göre Şafak Başa’nın İSKİ Genel Müdürlüğü görevine iade edilmesine karar verildi.